ja im aussenbereich kann das ein problem sein (sonne/witterung) dunkle fugen werden sehr heiss draussen. aber auch für das gibt es spezielle fugenmörtel.
im innenbereich sind dunkle fugen kein problem, deine befürchtung betreffen eher mangelnde qualität des mörtelhersteller, zu dünn verarbeitetem mörtels oder
nachträglich abgetönter mörtel. die gleichen probleme können auch bei hellen mörtel auftretten.
habe schon öffters erlebt, das bauherren in letzter minute die fugenmörtelfarbe ändern wollen und der verleger was mischen und improvisieren musste was der qualität nicht dienlich war.